Si le microbiote est déséquilibré suite à une perturbation (antibiotique, régime alimentaire momentanément déséquilibré), il peut revenir de lui-même à un bon état d’équilibre. Ce retour peut être plus difficile en cas de perturbation prolongée. Un transfert de microbiote d’une personne en bonne santé à une personne malade peut alors faciliter le processus de guérison.