Le microbiote est constitué de l’ensemble des micro-organismes associés à notre corps (qui vivent sur notre peau et nos muqueuses). Il est principalement constitué de bactéries et dans une moindre mesure de champignons unicellulaire (levures). Le nombre de cellules constituant notre microbiote dépasse largement celui des cellules de notre corps. 

Le microbiote intestinal est la part de notre microbiote vivant dans notre intestin. Il contribue à la digestion des aliments et fabrique certaines vitamines essentielles. Le microbiote s’acquière dès la naissance par contact avec la mère puis avec le reste de notre environnement.