Un bon état de santé est associé à un microbiote diversifié. Notre environnement au sens large et notre mode de vie (régime alimentaire, prise d’antibiotique, hygiène) influence notre microbiote qui en retour influence notre santé. 

Certaines bactéries de notre microbiote intestinal contribue à notre immunité en particulier en augmentant notre quantité de cellules immunitaires ou en produisant des molécules anti-inflammatoires . 

La perte de diversité du microbiote intestinal peut conduire à des pathologies (insuffisance pondérale, surpoids, diarrhée, et potentiellement d’ autres comme la dépression (la recherche est en cours)). 

Remarque : Chez les personnes immuno-déprimées, des bactéries du microbiote que le système immunitaire élimine normalement sans difficultés, peuvent devenir pathogènes et causer des maladies.