Les plantes fabriquent leur matière organique (MO : sucres, acides aminés, acides gras, nucléotides) à partir de matière minérale (MM : eau, dioxyde de carbone et sels minéraux...) et de l'énergie du soleil. Ce processus de transformation de la matière minérale en matière organique est appelée l'assimilation. En résumé : Assimilation =  MM + Energie →  MO

La minéralisation est le processus opposé. Il consiste à transformer la matière organique en matière minérale et de libérer l'énergie chimique contenue dans la matière organique. En résumé : Minéralisation =  MO →  MM + Energie