Les êtres vivants du sol sont nombreux et diversifiés et forment véritable un réseau trophique. En consommant la biomasse morte, certains petits animaux du sol (microfaune), ainsi que les bactéries et les champignons du sol permettent la reminéralisation de la matière organique. On les qualifie donc de décomposeurs. 

Par leur activité, ils produisent les ions minéraux dont se nourrissent les plantes comme l’ammonium (source d’azote N) et le phosphate (source de phosphore P), qui sont généralement présents en quantité limitantes dans le sol. Ils sont donc essentiels à la fertilité des sols en permettant le cycle de la matière.